합동신학대학원대학교는 1980년 11월 11일 개교한 합동신학교의 설립이념을 이어받아, 개혁주의 신학에 근거한 바른 신학, 바른 교회, 바른 생활을 교육이념으로 하여, 교회가 필요로 하는 교역자와 지도자를 양성함을 설립목적으로 한다.

바른신학

"바른 신학"이란 칼빈주의 신학(혹은 개혁주의 신학)을 의미하며 성경의 객관적 권위를 인정하고 하나님의 주권(롬 11:36)을 높이는 신학을 의미한다.

바른교회

"바른 교회"는 하나님의 부르심을 받아 그리스도를 믿고 따르는 신자들의 공동체로, 예수 그리스도가 머리와 주인(엡 2:22) 임을 인정하고 그 통치를 받는 교회를 의미한다.

바른생활

"바른 생활"이란 신앙과 윤리가 일치한 생활을 의미한다. 우리 자신을 부인하며(마 16:24) 한국교회가 상실한 내적인 성결과 겸손으로 주님의 삶을 닮아 가는 생활을 의미한다.

"바른 신학ㆍ바른 교회ㆍ바른 생활" 등 3대 개혁이념의 구현을 통하여, 개혁주의 신학을 재확인하고, 그리스도만을 주인으 로 섬기는 교회를 세우며, 신앙과 윤리가 일치하는 경건 생활을 정착시키는 일이 합동신학대학원대학교의 설립이념이다.