첫째, 중앙에 펼쳐진 책은 진리의 원천이자 신학의 근거인 성경을 상징한다. 우리 학교는 하나님의 말씀에 능한 사람을 배출하고자 하며, 성경 중심의 신학을 전개해 나갈 것임을 천명한다.
둘째, 그 안에 쓰여진 라틴어는 ‘Gratia’와 ‘Veritas’로서 ‘은혜’와 ‘진리’라는 의미이다. 그리스도인은 은혜로 구원을 얻으며(엡 2:8), 오직 예수 그리스도안에만 진리가 있다(엡 4:21).
세째, 외곽선을 이루고 있는 방패는 모든 영적인 선한 싸움을 믿음의 방패(엡 6:16)로 극복하는 성도들의 생동감 넘치는 자세를 상징한다.
넷째, 방패의 아래 쓰여진 라틴어 ‘Coram Deo’는 ‘하나님 앞에서’라는 의미이다. 16세기 유럽 종교 개혁자들이 신앙 생활의 성결에 힘쓰면서 생활의 전 영역을 주관하시는 하나님 앞에서 진실하게 살아가고자 다짐하던 표어이다.
다섯째, 방패의 양쪽 측면에 합동신학대학원대학교의 영문 첫 글자 ‘H’를 진한 청색으로 배석을 넣도록 만들었다. 진취적인 본교의 기상을 나타내고 있다.

1. SOLA SCRIPTURA(오직성경)
합동신학대학원대학교는 신구약 성경이 영감된 하나님의 말씀이며, 신앙과 행위의 정확무오한 유일한 법칙임을 믿는 학교로서, 성경 중심의 개혁신학을 전개해 나갈 것을 천명한다.

2. SOLI DEO GLORIA(오직 하나님께 영광)
신학교육의 궁극적인 목표를 하나님의 영광에 두고, 개혁신학을 토대로 바른 목회자들을 양성함으로서 온 세계에 바른 교회를 세워 하나님께 영광을 돌리는 것을 상징한다.

3. 둥근 타원
타원은 지구를 상징하며 합동신하대학원대학교가 온 우주의 중심이 되어 복음으로 세계를 변화시키는 주체가 되어야 함을 드러낸다.


1. 합동신학대학원대학교의 역사와 전통을 고스란히 간직하고 있는 생활관 건물을 형상화하여 합신의 개혁정신과 가치가 잊혀지지 않기를 바라는 마음을 담았다.

2. 합신 출신들의 마음의 고향인 생활관을 떠올림으로써 학창시절 지녔던 결의와 순수함을 잊지 않기를 바라는 마음을 담고 있다. 입학 초기에 지녔던 순수한 동기를 기억하며, 타협하지 않고 바른 목회자의 길을 걸어 갈 수 있는 힘을 공급할 것이다.

3. 후원자들과 방문자들이 앰블럼을 볼 때마다 합신 방문시 느꼈던 편안하고 따뜻한 분위기를 오래 기억하며 지속적으로 후원과 기도를 이어갈 수 있도록 고안되었다.